約在上世紀90年代之初，新疆的「疆獨」勢力漸成氣候。持這一主張的人，對於漢人以及任何人將他們居住的地方稱之為「新疆」都非常反感。在美國，如果與維族人在會議上相遇，大都知道如果要以「新疆」一詞稱呼他們生長的那塊土地，會遭受糾正或者抗議。維族人會告訴你：那塊土地叫做「東突厥斯坦」，不是中國的「新的疆土」。
中共發表新疆白皮書的玄機
由於中共總將自己渲染成各民族人民的「共主」，並不願意讓內陸省分的民眾知道「藏獨」、「疆獨」已成氣候。故此當中國於2003年5月發布《新疆的歷史與發展》白皮書之時，很少有人知道這是中國政府為了申張中國對新疆的主權。白皮書雖然有一段不短的文字談到「關於東突厥斯坦問題的由來」，但如果與新疆沒有淵源，或者不專門研究新疆，一般人不會注意這種官方文件蘊含的政治深意。
在那份白皮書裡，中國重申了歷代中央政府對西域的治理。從公元前121年西漢王朝在西域先後置武威、張掖、酒泉、敦煌四郡（四郡都在今之甘肅）開始算起，歷經隋唐，元朝，清朝，直至今天。白皮書的重點當然放在中共統治時期新疆的「輝煌發展」業績之上。
新疆兩千年的歷史回顧
不過，熟知歷史的人都知道，這長達兩千多年的歷史當中，中央政府對西域真正有主權的時候其實很短，西漢主要是軍屯守邊、唐朝對西域才是實實在在的開發和統治。唐朝在西域建立了十分完善的軍政管理機構，以都護府為最高行政機關，下轄軍事和行政兩大管理系統，官有定員，職有專任。經濟上因地制宜，既推行屯田制，又在東疆地區引進內地的均田制和租庸調製，軍事上推行兵農合一的府兵制，使駐軍很好地擔負起屯墾戍邊的雙重職責。在民族政策上實行真正的自治，任命其本民族的首領管理其內部事物，各少數民族不必向中央政府繳納賦稅。這些政策使得以安西四鎮為中心的西域地區開始繁榮興旺起來。
唐朝對西域的統治結束於唐中葉。經安史之亂之後，唐元氣大傷，無力西顧。元成吉思汗雖然橫掃了天山南北，但並未在那裡建立過有效的統治。認真算起來，元蒙要算是漢民族的仇敵，漢族為主的中國硬要將仇敵橫掃之地拿來算作漢族王朝的統治疆域實在太過勉強。
再度讓西域納入中國版圖並將其名之為「新疆」，則是中國歷史上最有福氣的清朝乾隆皇帝。在乾隆完成其「十全武功」之三件──兩征准部、一征回部之大業後，天山南北及俄羅斯的西西伯利亞盡收為清朝疆域。在1854至1858年間，清廷將該地區重新命名為「新疆」（取其「新的疆域」之意）。
但到了晚清民國時期，中原政權對新疆的控制曾危如累卵。幸好富有處理少數民族事務經驗的楊增新任新疆督撫，由於他善於平衡當地各民族間的力量，使得新疆在中原紛亂時保持了18年的穩定（1912年到1928年）。不過，這穩定局面實在非常脆弱，1928年楊增新在被刺殺前不久曾對來訪的徐旭生說：「我這空城計唱了17年，已經快唱不下去了。」楊遇刺後金樹仁繼任督撫，後馬仲英亂疆，盛世才乘時而起。盛世才執掌新疆政權始自1933年，歷時11年，至1944年被蔣介石迫至南京就新職。
「疆獨」問題躍上世界舞台
1949年中共命王震率兵入疆，在蘇聯的幫助下，中共「和平解放」新疆。王震則在新疆建立了建設兵團體制（即現代軍事屯田）。新疆維族人至今對這位鐵腕治疆、殺人如麻的「王剃頭」記憶猶新。
80年代是「疆獨」初起之時，其活動見於公開文字的極少。目前見於文字的只有一筆語焉不詳的記載：1981年初，新疆南部的葉城縣，有部分人遊行示威，要求建立「伊斯蘭共和國」。據新疆的漢族幹部說，「疆獨」不少骨幹就是共產黨培養的青年維族幹部。但直至前中共國家主席江澤民統治時期，「疆獨」在中共政府眼中，還算是「癬疥之疾」，從前總理朱鎔基曾笑答記者「新疆是我們說了算，不是疆獨說了算」，可見當時江澤民政府的關注重點是在壓制台獨主張盛行的「反叛之島」台灣，並未將「疆獨」當作心腹之患。
