正在台灣立法院審議中的〈產業創新條例草案〉受阻的主要原因之一，是其中有一條要對在台灣設立「營運總部」的大型國際企業，提供比一般企業低的營利事業所得稅，而顯然對國內企業和非大型的企業不公平。這項條例既然是要引導產業發展方向，當然要對某一部分企業有較多獎勵，因此，對營運總部獎勵之所以被認為不公平或不恰當，並不是因為它得到獎勵，而是這項獎勵似不符合獎勵的原理和目標。
政府應獎勵「外部利益」
在「自由經濟」和「公平」的大原則下，政府仍可以給個別企業特別租稅獎勵的主要原因，是因為企業的某些行為帶給社會的貢獻，大於它自己得到的利益，也就是這些行為創造了由全社會得到的「外部利益」，因此政府可以給這些企業一點獎勵，以鼓勵它們多做這類對全社會有利的事。這種獎勵方式叫做「功能性獎勵」。企業「研究發展出來的技術」和「培訓出來的人才」，常會有一部分被其他企業拿去用，所以這兩種企業行為普遍被認為具有外部利益，因此是功能性獎勵的主要對象。
相對於功能性獎勵，早期觀念沒這麼清楚時，我國的獎勵投資條例是由政府選擇一些產業來獎勵。這種做法背後的原理，仍應是要選擇具有較大外部利益的產業來獎勵。但政府的選擇難免會不正確甚至不公平，因此二十年前我們就改掉「產業別獎勵」的做法，而在促進產業升級條例中改採「功能性的獎勵」。
「營運總部」的認定有爭議
而對「營運總部」的獎勵並非產業別獎勵，因為各種產業的企業都可能設立營運總部。它也不是功能別獎勵，因為政府定義之營運總部所扮演的功能，不符營運總部之定義的企業也一樣有做。政府認為營運總部有九種主要功能：掌握經營策略、智慧財產管理、財務管理、國際採購、市場行銷、後勤支援、人力資源、研發設計與工程技術、高附加價值生產。這九種功能並非營運總部所獨有，而是絕大部分企業都有做的事。如果這些功能是有外部利益而值得獎勵，則政府應對所有進行這一類行為的企業都提供獎勵才公平。有人可能以為營運總部因為同時進行這九種行為，所以才能綜合產生外部利益。但事實上政府目前認定營運總部的條件，是只要企業單位在這九項中有三項就可以。
若只照這標準，幾乎所有本國企業的總公司都可以稱為營運總部。只在國內經營而未對外投資的企業，這九項行為當然都在國內，營運總部當然也在國內。有些企業的產品和文化及生活習慣有關，如台南擔仔麵，海外的投資只在中國，其九項營運總部的功能也很可能都在台灣。但依政府的規定，它們因為沒在兩個以上的外國營運，所以都不能享受營運總部的低稅獎勵。所以政府這項草案對營運總部的獎勵完全不符合功能性獎勵的原則，也對多數企業不公平。
實質是獎勵「大型企業」？
得到政府營運總部獎勵真正決定性的條件是「大型企業」，甚至是全球前五百大的企業。這種只獎勵大企業的做法，除了不公平之外，可說毫無學理依據。政府和一般人可能會誤以為：這些國際大企業把營運總部設在我國，不但很好也很有面子！但事實和想像不同。政府要求的營運總部是前述九項活動中有三項（或可能改為五項）在台灣有進行，但並未要求這幾項全部在台灣進行。例如只要有一部分市場行銷、後勤支援、人力資源是在台灣進行，就有資格被認定為營運總部。這對全球前五百大企業不只是太容易的事，甚至是它們只要在台灣有些營運就必然要做的事。所以對全球五百大企業而言，它們大概可同時在好幾個甚至幾十個國家設立符合這種條件的「營運總部」。政府吸引到的根本不是一般人心中想的「指揮其全球營運的總部」。
這樣獨厚大企業，不只對其他企業不公平，對台灣經濟也沒有實際幫助。它甚至可能誤導企業的正確經營，例如本來自認為分割較有利經營的華碩，很可能會因分割變小而失去得到獎勵的機會。相對地，將來有些企業也可能做不必要的合併以謀取獎勵。
台灣中小企業是經濟發展主力
這樣不必要且不公平的獎勵，為何會出現在政府的草案中？除了有人藉政商關係謀取私人利益的可能性之外，也可能是出於一些錯誤的觀念。有人說國際企業在國際上的移動性很大，不降低稅率爭取就會跑掉。但如前所述，它只要有一小部分在台灣就可得到獎勵，所以這項獎勵並未能真正把它們重要的業務吸引來台灣。而在全球化的今天，許多中小型企業一樣可以說走就走，甚至可走得更乾淨，所以絕無只對國際大企業降稅的道理。
財政部官員表示，「如果大企業在國際上無發展機會，則中小企業也不會有發展機會」，所以要對大企業提供特別獎勵。這種說法也毫無依據。我國很少有世界前五百大企業，但中小企業一樣發展至今。而政府吸引的所謂營運總部，如前所述更非真正營運總部，也看不出有任何比中型乃至小型企業更能協助其他小企業發展的功能。事實上依政府之構想而來台設立所謂「營運總部」的全球五百大企業，其在台灣的九項營運規模說不定還比不上國內第一千大的企業。政府豈可如此盲目而不公平地給予獎勵？
小國也有比較利益 不必幻想當大國
政府如此盲目獎勵營運總部的原因，也可能不是因為偏愛大企業，而是從亞太營運中心政策開始的一種幻想。我們因為自己不夠大，卻長期有做大國的夢想，所以我們常想做別人的中心和門戶，想要外國企業把總部或地區總部設到台灣。近二十年前的亞太營運中心政策是這夢想的集大成。但這項政策並未能吸引到營運總部和中心。後來政府和民間有識之士，也認為這項政策應以推動自由化和各種改革為目標，就是要建構營運總部也能在台灣發展的經營環境，以促進全面的經濟發展和國際化，而不是把「營運中心」本身當成目標。但過去夢想的結晶，如今很多人仍受其催眠，以為「營運總部」或其他中心和門戶是我國發展的必要乃至唯一途徑，很多政策包括〈產業創新條例〉也因而被引入不正確的方向。
