连任成功的马英九总统，在2012年上半年就进行了几项大刀阔斧的改变，其中包括进口美国牛肉（据传为交换与美国签贸易协订、赴美免签）、油电双涨、不动产交易实价登录以及推动证券交易所得税。马英九对改革表达了他的态度：「尽管有人不乐意，但非做不可的还是要做。」
台湾曾经两度课征证所税
这些改革中，以复征证所税的影响最大。台湾曾经两度课征证所税，一次在1974年，后来因为稽征成本过高，加上能源危机，只维持了约两年。另一次则让所有投资者印象深刻，1988年9月，当时的财政部长郭婉容宣布1989年起复征证所税，导致台股连续19个交易日无量跌停，一个月内从8,789点重挫到5,615点，跌幅达36%。最后因为人头户盛行，所得难以计算，在民意沉重压力下，一年后停征。
由于对资本市场与股市的影响过于巨大，23年来的历任政府不敢再轻言复征证所税。但在财政困窘、贫富差距大所累积的民意压力下，马政府打着追求「公平正义」及「量能课税」的旗号，决定再次推动证所税。
3月28日，由财政部长刘忆如（郭婉容之女）率领的财政健全小组将资本利得税列为最高共识，并以优先改革证所税为目标。4月26日，经过总统拍板的行政院版修法草案出炉，主要内容是：当投资人的股票交易利得每年超过400万时，超过的部分课征15%到20%的个人证所税；而法人采取最低税负制，申报门坎为50万，税率为12%到15%，但为符合国际常规，境外法人不课征。此外，证劵交易所得税不做任何变动，但个人证交税的一半可扣抵证所税。
然而，自证所税可能开征的讯息传出后，台股的成交量随即大幅下降。数据显示，2012年1至4月，每年原可贡献国家整体税收约10%的证交税，较2011年同期减少新台币55亿元。但刘忆如指出证交税短收，主要来自于许多国内外因素，才会造成台股的价和量都受到波及，证所税只是其中原因之一。
引爆财政部长刘忆如下台
从财政部版到行政院版，各界争议不断，褒贬不一；市场大户、券商公会、工商团体，甚至企业大老的反弹更是不断；行政院版送到立院时，国民党团更提出不同版本，导致刘忆如最终因为理念不合而辞职下台。
面对股市下挫、交易量低迷、金融市场的压力，最后立法院于7月25日三读通过的版本是：2013年起开征证所税，个人版本大幅变动，前两年采「设算课税」与「核实课税」双轨制，法人与其他部分同行政院版本。财政部估计约一万人受影响，每年税收60亿至110亿元。马英九总统并表示，这是租税史上重要的里程碑，虽然内容尚未尽善尽美，但先求有、再求好。
自从证所税发酵以来，3月至10月台股每月的日均量平均维持在低档的六百多亿。但财政部次长曾铭宗在11月指出，国际各股市都有量缩情况，但在证所税定案后，台股成交量明显逐渐回升。「7月675亿，8月775亿，9月就增加到874亿，所以可以证明通过后，量有慢慢回升。」
统一证券总经理林宽成认为，政府认为受影响的只不过一万人，但这一万大户因害怕实施证所税后，进出股市的资金流向曝光，转而将资金流向邻近的港股。此外，证所税也将对IPO（首次公开发行）课税，会导致创业诱因降低。上银董事长卓永财指出，如此一来没人敢做创投，将扼杀新产业发展。
面对政府强势推行，商总理事长张平沼和工总理事长许胜雄均认为，政府既已决心实施，业界只能接受，但希望政府设定观察期限，如有负面影响，应评估政策存废。
台湾大学经济系教授樊家忠观点：
如果「不课证所税」是为了刺激股市、鼓励证券投资，那么我们为了刺激工作意愿，是不是可以「不要课综合所得税」？所以如果「只课综所税」、「不课证所税」，那等于鼓励投资、不鼓励劳动。也就是说，不管课不课，必须要有道理。政府独厚资本利得，在学理上也说不清。
政府所有政策，其实都有一个效果，就是资源重分配，都是在做转移。为甚么要专门去刺激股市？在税制上，课证所税没问题。但政府的问题是，你要课，但有人一反弹，又缩回去。这反而导致增加不确定性。
马总统现在声望只剩十几趴了，就不要顾虑太多，已经不可能更糟了，就干脆做下去吧。声望最高跟最低的时候，都是政治人物做改革的最好时间点。
