约在上世纪90年代之初，新疆的「疆独」势力渐成气候。持这一主张的人，对于汉人以及任何人将他们居住的地方称之为「新疆」都非常反感。在美国，如果与维族人在会议上相遇，大都知道如果要以「新疆」一词称呼他们生长的那块土地，会遭受纠正或者抗议。维族人会告诉你：那块土地叫做「东突厥斯坦」，不是中国的「新的疆土」。
中共发表新疆白皮书的玄机
由于中共总将自己渲染成各民族人民的「共主」，并不愿意让内陆省分的民众知道「藏独」、「疆独」已成气候。故此当中国于2003年5月发布《新疆的历史与发展》白皮书之时，很少有人知道这是中国政府为了申张中国对新疆的主权。白皮书虽然有一段不短的文字谈到「关于东突厥斯坦问题的由来」，但如果与新疆没有渊源，或者不专门研究新疆，一般人不会注意这种官方文件蕴含的政治深意。
在那份白皮书里，中国重申了历代中央政府对西域的治理。从公元前121年西汉王朝在西域先后置武威、张掖、酒泉、敦煌四郡（四郡都在今之甘肃）开始算起，历经隋唐，元朝，清朝，直至今天。白皮书的重点当然放在中共统治时期新疆的「辉煌发展」业绩之上。
新疆两千年的历史回顾
不过，熟知历史的人都知道，这长达两千多年的历史当中，中央政府对西域真正有主权的时候其实很短，西汉主要是军屯守边、唐朝对西域才是实实在在的开发和统治。唐朝在西域建立了十分完善的军政管理机构，以都护府为最高行政机关，下辖军事和行政两大管理系统，官有定员，职有专任。经济上因地制宜，既推行屯田制，又在东疆地区引进内地的均田制和租庸调制，军事上推行兵农合一的府兵制，使驻军很好地担负起屯垦戍边的双重职责。在民族政策上实行真正的自治，任命其本民族的首领管理其内部事物，各少数民族不必向中央政府缴纳赋税。这些政策使得以安西四镇为中心的西域地区开始繁荣兴旺起来。
唐朝对西域的统治结束于唐中叶。经安史之乱之后，唐元气大伤，无力西顾。元成吉思汗虽然横扫了天山南北，但并未在那里建立过有效的统治。认真算起来，元蒙要算是汉民族的仇敌，汉族为主的中国硬要将仇敌横扫之地拿来算作汉族王朝的统治疆域实在太过勉强。
再度让西域纳入中国版图并将其名之为「新疆」，则是中国历史上最有福气的清朝乾隆皇帝。在乾隆完成其「十全武功」之三件──两征准部、一征回部之大业后，天山南北及俄罗斯的西西伯利亚尽收为清朝疆域。在1854至1858年间，清廷将该地区重新命名为「新疆」（取其「新的疆域」之意）。
但到了晚清民国时期，中原政权对新疆的控制曾危如累卵。幸好富有处理少数民族事务经验的杨增新任新疆督抚，由于他善于平衡当地各民族间的力量，使得新疆在中原纷乱时保持了18年的稳定（1912年到1928年）。不过，这稳定局面实在非常脆弱，1928年杨增新在被刺杀前不久曾对来访的徐旭生说：「我这空城计唱了17年，已经快唱不下去了。」杨遇刺后金树仁继任督抚，后马仲英乱疆，盛世才乘时而起。盛世才执掌新疆政权始自1933年，历时11年，至1944年被蒋介石迫至南京就新职。
「疆独」问题跃上世界舞台
1949年中共命王震率兵入疆，在苏联的帮助下，中共「和平解放」新疆。王震则在新疆建立了建设兵团体制（即现代军事屯田）。新疆维族人至今对这位铁腕治疆、杀人如麻的「王剃头」记忆犹新。
80年代是「疆独」初起之时，其活动见于公开文字的极少。目前见于文字的只有一笔语焉不详的记载：1981年初，新疆南部的叶城县，有部分人游行示威，要求建立「伊斯兰共和国」。据新疆的汉族干部说，「疆独」不少骨干就是共产党培养的青年维族干部。但直至前中共国家主席江泽民统治时期，「疆独」在中共政府眼中，还算是「癣疥之疾」，从前总理朱镕基曾笑答记者「新疆是我们说了算，不是疆独说了算」，可见当时江泽民政府的关注重点是在压制台独主张盛行的「反叛之岛」台湾，并未将「疆独」当作心腹之患。
