正在台湾立法院审议中的〈产业创新条例草案〉受阻的主要原因之一，是其中有一条要对在台湾设立「营运总部」的大型国际企业，提供比一般企业低的营利事业所得税，而显然对国内企业和非大型的企业不公平。这项条例既然是要引导产业发展方向，当然要对某一部分企业有较多奖励，因此，对营运总部奖励之所以被认为不公平或不恰当，并不是因为它得到奖励，而是这项奖励似不符合奖励的原理和目标。
政府应奖励「外部利益」
在「自由经济」和「公平」的大原则下，政府仍可以给个别企业特别租税奖励的主要原因，是因为企业的某些行为带给社会的贡献，大于它自己得到的利益，也就是这些行为创造了由全社会得到的「外部利益」，因此政府可以给这些企业一点奖励，以鼓励它们多做这类对全社会有利的事。这种奖励方式叫做「功能性奖励」。企业「研究发展出来的技术」和「培训出来的人才」，常会有一部分被其他企业拿去用，所以这两种企业行为普遍被认为具有外部利益，因此是功能性奖励的主要对象。
相对于功能性奖励，早期观念没这么清楚时，我国的奖励投资条例是由政府选择一些产业来奖励。这种做法背后的原理，仍应是要选择具有较大外部利益的产业来奖励。但政府的选择难免会不正确甚至不公平，因此二十年前我们就改掉「产业别奖励」的做法，而在促进产业升级条例中改采「功能性的奖励」。
「营运总部」的认定有争议
而对「营运总部」的奖励并非产业别奖励，因为各种产业的企业都可能设立营运总部。它也不是功能别奖励，因为政府定义之营运总部所扮演的功能，不符营运总部之定义的企业也一样有做。政府认为营运总部有九种主要功能：掌握经营策略、智慧财产管理、财务管理、国际采购、市场营销、后勤支持、人力资源、研发设计与工程技术、高附加价值生产。这九种功能并非营运总部所独有，而是绝大部分企业都有做的事。如果这些功能是有外部利益而值得奖励，则政府应对所有进行这一类行为的企业都提供奖励才公平。有人可能以为营运总部因为同时进行这九种行为，所以才能综合产生外部利益。但事实上政府目前认定营运总部的条件，是只要企业单位在这九项中有三项就可以。
若只照这标准，几乎所有本国企业的总公司都可以称为营运总部。只在国内经营而未对外投资的企业，这九项行为当然都在国内，营运总部当然也在国内。有些企业的产品和文化及生活习惯有关，如台南担仔面，海外的投资只在中国，其九项营运总部的功能也很可能都在台湾。但依政府的规定，它们因为没在两个以上的外国营运，所以都不能享受营运总部的低税奖励。所以政府这项草案对营运总部的奖励完全不符合功能性奖励的原则，也对多数企业不公平。
实质是奖励「大型企业」？
得到政府营运总部奖励真正决定性的条件是「大型企业」，甚至是全球前五百大的企业。这种只奖励大企业的做法，除了不公平之外，可说毫无学理依据。政府和一般人可能会误以为：这些国际大企业把营运总部设在我国，不但很好也很有面子！但事实和想象不同。政府要求的营运总部是前述九项活动中有三项（或可能改为五项）在台湾有进行，但并未要求这几项全部在台湾进行。例如只要有一部分市场营销、后勤支持、人力资源是在台湾进行，就有资格被认定为营运总部。这对全球前五百大企业不只是太容易的事，甚至是它们只要在台湾有些营运就必然要做的事。所以对全球五百大企业而言，它们大概可同时在好几个甚至几十个国家设立符合这种条件的「营运总部」。政府吸引到的根本不是一般人心中想的「指挥其全球营运的总部」。
这样独厚大企业，不只对其他企业不公平，对台湾经济也没有实际帮助。它甚至可能误导企业的正确经营，例如本来自认为分割较有利经营的华硕，很可能会因分割变小而失去得到奖励的机会。相对地，将来有些企业也可能做不必要的合并以谋取奖励。
台湾中小企业是经济发展主力
这样不必要且不公平的奖励，为何会出现在政府的草案中？除了有人藉政商关系谋取私人利益的可能性之外，也可能是出于一些错误的观念。有人说国际企业在国际上的移动性很大，不降低税率争取就会跑掉。但如前所述，它只要有一小部分在台湾就可得到奖励，所以这项奖励并未能真正把它们重要的业务吸引来台湾。而在全球化的今天，许多中小型企业一样可以说走就走，甚至可走得更干净，所以绝无只对国际大企业降税的道理。
财政部官员表示，「如果大企业在国际上无发展机会，则中小企业也不会有发展机会」，所以要对大企业提供特别奖励。这种说法也毫无依据。我国很少有世界前五百大企业，但中小企业一样发展至今。而政府吸引的所谓营运总部，如前所述更非真正营运总部，也看不出有任何比中型乃至小型企业更能协助其他小企业发展的功能。事实上依政府之构想而来台设立所谓「营运总部」的全球五百大企业，其在台湾的九项营运规模说不定还比不上国内第一千大的企业。政府岂可如此盲目而不公平地给予奖励？
小国也有比较利益 不必幻想当大国
政府如此盲目奖励营运总部的原因，也可能不是因为偏爱大企业，而是从亚太营运中心政策开始的一种幻想。我们因为自己不够大，却长期有做大国的梦想，所以我们常想做别人的中心和门户，想要外国企业把总部或地区总部设到台湾。近二十年前的亚太营运中心政策是这梦想的集大成。但这项政策并未能吸引到营运总部和中心。后来政府和民间有识之士，也认为这项政策应以推动自由化和各种改革为目标，就是要建构营运总部也能在台湾发展的经营环境，以促进全面的经济发展和国际化，而不是把「营运中心」本身当成目标。但过去梦想的结晶，如今很多人仍受其催眠，以为「营运总部」或其他中心和门户是我国发展的必要乃至唯一途径，很多政策包括〈产业创新条例〉也因而被引入不正确的方向。
