為了解決《會計法》99條之1的修法爭議，行政院於昨日（6/10）舉行臨時院會，提出覆議案。「覆議」即請立法院再表決一次：行政院提出計畫，進入立法院中立法院，如不通過或預算遭砍，案子就又回到行政院，行政院若認為立法院的議決讓行政院做事困難，「窒礙難行」，可經總統核可將案子丟回立法院，請立法院再一次決定是否維持原案，即「覆議」。如不通過，代表維持原決議，行政院只能接受照辦，如通過（門檻是1/2立委），代表原議決失效。
6/10的臨時院會宣布，99條之1不會另提修法版本，只單純提出覆議，一旦覆議案通過，《會計法》99條之1似乎回到了原點。
99條之1修訂前：「中華民國九十五年十二月三十一日以前各機關支用之特別費，其報支、經辦、核銷、支用及其他相關人員之財務責任均視為解除，不追究其行政及民事責任；如涉刑事責任者，不罰。」
此次修訂後增加此段：「中華民國九十九年十二月三十一日以前各民意機關支用之研究費、公費助理費與加班費、業務費、出國之考察費、各鄉（鎮、市、區）公所支用之村（里）長事務補助費；中華民國一百零一年十二月三十一日以前各大專院校職員、學術研究機構研究人員支用政府機關補助之研究計畫費，其報支、經辦、核銷、支用及其他相關人員之財務責任均視為解除，不追究其行政及民事責任；如涉刑事責任者，不罰。但已報支不符法令之相關費用，應予繳回。
意圖為自己或第三人所有非關研究執行之財物，而報支政府機關補助之研究計畫費者，不適用前項規定。」
條文修訂後引起的爭議，其一為立法院於5月31日三讀修正通過，讓民代、學者報支經費可以有條件除罪，民代「公款公用」、「公款私用」都可除罪，引發反彈；其二，《會計法》修法對民代、教授（假設「教」字沒有疏漏）有不同的不罰標準，被視作違反平等原則；再者，條文中漏掉「教」字，教授有繼續被法辦之慮，一個字的語言失準，突顯修法的倉促疏漏。
但是早在2011年5月提出修訂的99條之1，目的是將行政機關首長濫用特別費的事情除罪化；再者，2011年時就將（教員）報假賬與（民代）貪污一併討論，但這兩件事如何可以混為一談，即前立委顏清標的除罪和教授研究費處理的討論不能相混；此外，公用與私用的區分，一直以來並不明確，2011年修法的結論是只要支出大於收入，就不算貪污，這些問題也都並未解決。
另外，回頭檢視程序問題，為甚麼出現立法時的密室協商？據「立法院職權行使法」規定，議案進行協商時必須全程錄影錄音，記錄併同協商結論。立法院透過黨團協商，通過的這量身定作的法律卻有此漏洞。
覆議案後，《會計法》99條之1看似回到原點，過程中卻突顯了種種問題，似乎不只是不同時空價值觀落差的歷史共業，也不會隨著「覆議」的結果得到解決。
